W roku 1999 wprowadzono na rynek drugą generację modelu CL. Zachowano dotychczasową koncepcję ogólną pojazdu. Rozstaw osi pozostał nie zmieniony, ale nowe nadwozie było dłuższe i szersze. W stosunku do poprzedniej generacji zmieniła się zwłaszcza przednia i tylna część nadwozia.

Zrezygnowano ze stosowania silników czterocylindrowych i wprowadzono mocniejsze silniki w układzie V6. Były to jednostki o pojemności skokowej 3,2 dm3 oferowane w dwóch wariantach. Wersja mająca dodatkowe oznaczenie Type S miała istotnie podwyższone osiągi. Silniki te łączone były standardowo z pięciobiegowymi skrzyniami automatycznymi, kierującymi napęd na koła przednie.

W 2003 roku, pod koniec produkcji wprowadzono do oferty wersję Type S z mechaniczną skrzynią przekładniową o sześciu biegach.

Zakończenie produkcji samochodów CL drugiej generacji nastąpiło w 2003 roku, a bezpośredniego następcy nie przygotowano.