Druga generacja modelu Windstar debiutowała w 1999 roku. Zachowano dotychczasową koncepcję konstrukcyjną, ale nowe nadwozie otrzymało już symetryczny układ drzwi bocznych. Z obu stron nadwozia było dwoje drzwi, pierwsze zawieszone na przedniej krawędzi oraz tylne przesuwne. Takie rozwiązanie było bardziej funkcjonalne. Wymiary nadwozia nie uległy większym zmianom.

W ofercie znalazły się dwie wersje silnikowe. Napęd pochodził z jednostek benzynowych w układzie V6, o pojemności skokowej 3,0 lub 3,8 dm³, przejętych z poprzedniej generacji. Obie łączone były z automatycznymi skrzyniami przekładniowymi.

W 2001 roku przeprowadzono niewielką modernizację nadwozi (face-lifting), a także zrezygnowano z produkcji wersji z silnikiem o pojemności 3,0 dm³.

Zakończenie produkcji samochodów Windstar nastąpiło w 2003 roku. Następcą w gamie modelowej amerykańskiego Forda był model o nazwie Freestar.