W 1994 roku pojawiła się druga generacja modelu LS 400. Ogólna koncepcja pojazdu nie uległa zmianie, ale płyta podłogowa miała zwiększony o 35 mm rozstaw osi. Nadwozie miało stylizację podobną do poprzednika, ale zostało lepiej dopracowane pod względem aerodynamicznym, gdyż współczynnik Cx wynosił tylko 0,27. Zmodernizowano także benzynowy silnik V8 w kierunku zwiększenia osiągów.

W 1997 roku samochód został zmodernizowany. Po face-liftingu zmieniła się głównie przednia część nadwozia. Ponownie zwiększono osiągi silnika, a ponadto wprowadzono pięciobiegową automatyczną skrzynię przekładniową.

Zakończenie produkcji samochodów LS drugiej generacji nastąpiło w 2000 roku. Ogółem wykonano około 110 tysięcy tych pojazdów.