Druga generacja samochodów Mini miała swoją oficjalną prezentację jesienią 2000 roku, podczas Salonu Samochodowego w Paryżu. Była to całkowicie nowa konstrukcja opracowana przez specjalistów z firmy BMW, do której już wówczas marka Mini już należała. Pod względem stylistycznym nadwozie wyraźnie nawiązuje do swojego poprzednika, ale zostało znacznie powiększone i lepiej wyposażone. Drzwi tylne ułatwiały dostęp do bagażnika. Rozstaw osi powiększono aż o około 43 cm, a długość całkowita wzrosła do 3,62 m. Mimo tak znacznego wzrostu wymiarów wnętrze i bagażnik nie są obszerne. Wprowadzono szereg nowoczesnych rozwiązań technicznych i samochód Mini II generacji stał się modelem prestiżowym, a więc o całkowicie odmiennym charakterze niż miała I generacja tych pojazdów.

Do napędu tych samochodów przeznaczono nową rodzinę silników benzynowych, których konstrukcję opracowano we współpracy ze specjalistami z grupy PSA (Citroen-Peugeot). Silniki te miały jednakową pojemność skokową 1,6 dm3, ale różniły się osiągami. Napęd przekazywany był na koła przednie poprzez mechaniczne skrzynie przekładniowe o pięciu lub sześciu biegach. Niektóre wersje dostępne były z bezstopniowymi przekładniami ciernymi (CVT). Nowością w samochodach tej wielkości było wielowahaczowe zawieszenie kół tylnych.

W 2003 roku rodzina samochodów Mini została powiększona o model One D, napędzany turbodoładowanym silnikiem Diesla. Miał on pojemność 1,4 dm3 i pochodził od Toyoty.

W 2004 roku wprowadzono do sprzedaży drugą wersję nadwoziową. Był to kabriolet z miękkim składanym dachem. W tym samym momencie wprowadzono drobne modyfikacje nadwozia. W następnym roku oferta została wzbogacona o model JCW (John Cooper Works) wyposażony w najmocniejszy silnik benzynowy.

Zakończenie produkcji samochodów z nadwoziami typu hatch-back nastąpiło w 2006 roku, ale kabriolety oferowano do 2008 roku.