Druga generacja modelu Pajero pojawiła się na rynku w 1991 roku. Utrzymano dotychczasową koncepcję ogólną, ale nowe nadwozia zostały powiększone. Ich kształty zewnętrzne stały się bardziej obłe, a wnętrza zostały lepiej wyposażone. Poprawiono cechy aerodynamiczne nadwozi. Zderzaki metalowe zastąpiono plastikowymi. W ofercie handlowej nadal były modele o krótszym i dłuższym rozstawie osi.

Samochody zostały wyposażone w odnowioną gamę jednostek napędowych. Zastosowano benzynowe silniki o pojemności skokowej 2,4 (czterocylindrowy) i 3,0 dm3 (V6) oraz silnik wysokoprężny o pojemności 2,5 dm3.

Na bazie krótkiego nadwozia opracowano i wprowadzono do produkcji wersję kabriolet. W połowie 1993 roku zmieniono gamę silników. Wprowadzono dwie nowe, mocniejsze jednostki napędowe: benzynową o pojemności 3,5 dm3 oraz turbodiesel o pojemności 2,8 dm3. Równocześnie zmieniono skrzynie przekładniowe i rozdzielcze.

We wrześniu 1997 roku przeprowadzono "face-lifting" nadwozia. Zmienił się wówczas wygląd przedniej części, a na bokach nadwozia pojawiły się charakterystyczne przetłoczenia.

Zakończenie produkcji samochodów Pajero drugiej generacji nastąpiło w 1999 roku. Wkrótce pojawił się następca, ale na niektóre rynki dostarczano jeszcze wybrane wersje tych pojazdów pod nazwą Pajero Classic (do 2004 r).