Druga generacja modelu Zafira miała swój debiut w marcu 2005 roku podczas Salonu Samochodowego w Genewie. Ogólna koncepcja pojazdu nie uległa zmianie. Nowe nadwozie powstało na płycie podłogowej o nieco wydłużonym rozstawie osi (o 1 cm), natomiast jego długość całkowita wzrosła o 15 cm. Wzrosła także szerokość pojazdu. Dzięki tym zmianom poprawił się komfort podróżowania.

Zmodyfikowano również gamę silników. Zwiększono osiągi silników benzynowych i wprowadzono nowe silniki Diesla o pojemności skokowej 1,9 dm³, dostarczane przez spółkę GM-Fiat Powertrain. Mocniejszy silnik otrzymała również sportowa wersja OPC. Niektóre wersje Zafiry produkowano w fabryce Opla w Gliwicach.

W 2007 roku zmodyfikowano podstawową benzynową jednostkę napędową (1,6 dm³) oraz wprowadzono nowe turbodoładowane silniki Diesla o pojemności 1,7 dm³.

W lutym 2008 roku przeprowadzono modernizację tej rodziny (face-lifting). Nieznacznie zmienił się wygląd przedniej części pojazdu. Wprowadzono nowy zderzak i zmodernizowano lampy. Zmieniono też klosze lamp tylnych,

Produkcja samochodów Zafira drugiej generacji trwała do grudnia 2014 roku, równolegle z trzecią generacją. W okresie 2012-2014, w nazwie modelu stosowano dodatkowe określenie Family.