Oficjalna prezentacja modelu 206 odbyła się w czerwcu 1998 roku. Jest to całkowicie nowa konstrukcja, która zastąpiła w gamie firmy popularny model 205. Silnym atutem modelu 206 była atrakcyjna sylwetka dwubryłowego nadwozia typu hatch-back, powstałego przy współpracy z włoską firmą Pininfarina. Duży kąt pochylenia szyby przedniej i ciekawy kroplowy kształt reflektorów to znaki szczególne tego nadwozia. Szkielet nadwozia o dużej sztywności i wyodrębnione strefy zgniotu zapewniały bezpieczeństwo kierowcy i pasażerom. Większe wymiary wnętrza i bagażnika (w stosunku do modelu 205) sprawiały, że pojazd był bardziej funkcjonalny i cieszył się dużym powodzeniem na rynku.

Początkowo gama silników składała się z jednostek benzynowych o pojemnościach skokowych 1,1 , 1,4 i 1,6 dm3 oraz wolnossącego silnika Diesla o pojemności 1,9 dm3. Wszystkie silniki współpracowały z pięciobiegowymi skrzyniami przekładniowymi.

W 1999 roku gama modeli 206 powiększyła się o usportowione modele 16S i 16S GT wyposażone w dynamiczne silniki o pojemności 2,0 dm3.

Na Salonie Samochodowym w Paryżu w 2000 roku zaprezentowano produkcyjną wersję modelu 206 CC z oryginalnym nadwoziem otwartym, wyposażonym w sztywny lecz składany dach. To praktyczne rozwiązanie szybko zdobyło uznanie na rynku. Następną nowością tegoż roku było wprowadzenie turbodoładowanego silnika Diesla (z rodziny HDI) o pojemności 2,0 dm3, z bezpośrednim wtryskiem paliwa.

Wiosną 2002 roku, na genewskim Salonie Samochodowym, debiutowała wersja z uniwersalnym nadwoziem typu kombi, produkowana w brytyjskiej fabryce grupy PSA. Nadwozie w układzie pięciodrzwiowym miało zwiększony zwis tylny, ale zachowało kompaktowe wymiary. W tym samym okresie wprowadzono nowy, ekonomiczny silnik Diesla o pojemności skokowej 1,4 dm3. Nowa jednostka napędowa stosowana jest w nadwoziach typu hatch-back i kombi.

W roku 2003 trafiła na rynek nowa wersja sportowa oznaczona dodatkowym symbolem RC. W połowie tegoż roku cała rodzina samochodów 206 poddana została nieznacznej modernizacji (face-lifting). Wprowadzono przezroczyste szyby przednich lamp, a dolny powiększony wlot powietrza uzyskał wypełnienie wzorowane plastrem miodu. Na tylnych drzwiach pojawił się duży znak firmowy.

W 2004 roku do gamy silnikowej dołączył nowy turbodoładowany silnik Diesla o pojemności 1,6 dm3, wyposażony w filtr cząstek stałych. W maju następnego roku wyprodukowano 5-cio milionowy egzemplarz Peugeota 206.

Po uruchomieniu produkcji modelu 207, kontynuowano wytwarzanie modeli 206 ale ograniczono liczbę wersji silnikowych. W 2007 roku zakończono produkcję samochodów z nadwoziami kabriolet i kombi.

Początkiem 2009 roku samochody 206 z nadwoziami typu hatch-back zostały zmodernizowane i upodobniły się nowszych modeli 207 i 308. Zmieniono także lampy tylne, a nowa deska rozdzielcza została adaptowana z nowszego modelu 207. Samochody te otrzymały oznaczenie 206+, a dostępne były tylko trzy wersje silnikowe. Ich produkcję zakończono w 2012 roku.