Druga generacja modelu Clio pojawiła się na rynku początkiem 1998 roku. Ogólna koncepcja konstrukcyjna nie uległa zmianie. W całkowicie nowym nadwoziu o zaokrąglonych kształtach utrzymano dotychczasowy rozstaw osi. Charakterystycznymi szczegółami stylistycznymi były stosunkowo duże lampy przednie i silnie gięta szyba tylna. W gamie silników pojawiły się nowe benzynowe jednostki napędowe o pojemności skokowej 1,6 dm3 (8- i 16-zaworowe).

W następnym roku uruchomiono produkcję samochodów z 16-zaworowymi silnikami o pojemności 1,4 dm3 oraz usportowionej wersji z silnikiem o pojemności 2,0 dm3.

W roku 2000 wprowadzono na rynek samochody Clio wyposażone w turbodoładowany silnik o pojemności 1,9 dm3 wyposażony w bezpośredni wtrysk paliwa. Drugą nowością tegoż roku był model Sport V6 z silnikiem o pojemności 3,0 dm3. Jest to pojazd specjalnie przygotowany do rajdów, w którym silnik umieszczono centralnie (za przednimi fotelami). Niewielka ilość tych pojazdów przeznaczona była na rynek, a ich montaż odbywał się w Szwecji.

W tureckich zakładach Renault rozpoczęto produkcję samochodów Thalia, z trzybryłowym czterodrzwiowym nadwoziem będącym wersją pochodną od Clio.

Wiosną 2001 roku przeprowadzono głęboką modernizację rodziny Clio II. Po face-liftingu zmienił się wygląd przedniej i tylnej części pojazdu. Wzmocniono także strukturę nośną nadwozia i zmieniono deskę rozdzielczą. Odnowiona została również gama silników. Zupełnie nową jednostką napędową był nowoczesny turbodiesel o pojemności skokowej 1,5 dm3 z systemem zasilania typu Common Rail.

Jesienią 2003 roku przeprowadzono kolejną modernizację (FL2),

Po uruchomieniu produkcji samochodów Clio trzeciej generacji w 2005 roku ograniczono liczbę dostępnych wersji, a we wrześniu 2009 pozostałe modele zmodernizowano. Ich wyróżnikiem stał się zmieniony wygląd tylnej ściany.