Po raz drugi nazwa Octavia pojawiła się w listopadzie 1996 roku. Taką nazwę otrzymał nowy model opracowany już pod zarządem Volkswagena. Obszerne nadwozie w układzie 2,5-bryłowym powstało w oparciu o płytę podłogową przyszłego Golfa IV generacji. Także zespoły mechaniczne, łącznie z silnikami, pochodzą z modeli oferowanych przez grupę Volkswagena.

W początkowym okresie stosowano silniki benzynowe o pojemności skokowej 1,6 dm3 (w dwóch wersjach) i 1,8 dm3 oraz wysokoprężne o pojemności 1,9 dm3 w wersji wolnossącej i doładowanej. Silniki ustawiono poprzecznie, a napęd przekazywany był na koła przednie.

Podczas Salonu Samochodowego we Frankfurcie n/Menem w 1997 roku zaprezentowana została Octavia z nadwoziem kombi. Debiut rynkowy tej wersji odbył się w połowie 1998 roku. Równocześnie rozszerzono gamę silników o większe jednostki benzynowe: turbodoładowany silnik o pojemności 1,8 dm3 oraz wolnossący o pojemności 2,0 dm3.

W 1999 roku wprowadzono na rynek ekonomiczną wersję Octavii wyposażoną w silnik o pojemności 1,4 dm3 będący zmodernizowaną odmianą znanej od dawna jednostki 1,3 dm3 stosowanej w modelu Felicia.

Drugą nowością tegoż roku był model kombi z napędem na obie osie. Tu również wykorzystano zespoły Volkswagena stosowane m.in. w Golfie 4Motion, gdzie za rozdział siły napędowej pomiędzy obie osie odpowiadało sprzęgło typu Haldex. Przedstawiono także jubileuszowy model z luksusowym wyposażeniem, o nazwie Laurin&Klement, który miał akcentować przywiązania marki do tradycji.

Jesienią 2000 roku przedstawiono odnowioną rodzinę Octavii. Przeprowadzony face-lifting objął głównie przednią część nadwozia. Odświeżono również gamę silników. Wycofano stary silnik benzynowy o pojemności 1,4 dm3 i wprowadzono nowy o 16 zaworach. Całkowitą nowością była usportowiona wersja o symbolu RS. Do jej napędu zastosowano turbodoładowany silnik o pojemności 1,8 dm3 adaptowany ze sportowego Audi TT.

Od 2002 roku model RS dostępny był również w wersji kombi, a model z napędem 4x4 w wersji hatch-back. W następnym roku wprowadzono mocniejszą wersję silnika 1,9 TDI.

W lutym 2004 roku ruszyła produkcja samochodów Octavia trzeciej generacji, ale nie zakończono produkcji pojazdów tej generacji. Od jesieni oznaczano je dodatkową nazwą Tour.

Zakończenie produkcji Octavii Tour nastąpiło dopiero w 2010 roku.