Na Salonie Samochodowym we Frankfurcie n/Menem w 2001 roku zaprezentowana została czwarta jgeneracja modelu Polo.

Model ten został całkowicie przekonstruowany i oparty na nowej płycie podłogowej, którą już wcześniej zastosowano w Skodzie Fabii. Nadwozie typu hatch-back zostało istotnie wydłużone (o ponad 18 cm) i było oferowane zarówno w wersji trzy- jak i pięciodrzwiowej. Pod względem stylistycznym upodobniło się do mniejszego modelu VW o nazwie Lupo. Zrezygnowano z produkcji w Europie innych wersji nadwoziowych, ale w Brazylii uruchomiono w 2003 roku wersję z nadwoziem trzybryłowym typu notch-back. Wersja ta była oferowana w niektórych krajach europejskich pod nazwą Classic lub Sedan.

Do napędu tych pojazdów wykorzystano pięć różnych silników benzynowych o pojemności skokowej 1,2 i 1,4 dm3 w różnych wariantach mocy oraz trzy silniki Diesla o pojemności 1,4 i 1,9 dm3 (w dwóch wariantach).

Wzbogacone zostało również wyposażenie opcjonalne, w skład którego wchodził m.in. system stabilizacji trakcji (ESP), hydrauliczny asystent hamowania (HBA) czy półautomatyczny system klimatyzacji - Climatic.

Wiosną 2004 roku wprowadzono na rynek wersję Fun, która była lepiej przystosowana do jazdy po nieutwardzonych drogach. Prześwit zwiększono o 15 mm, zastosowano większe koła jezdne oraz relingi dachowe.

Początkiem 2005 roku przeprowadzono modernizację rodziny samochodów Polo. Największe zmiany po tej operacji face-lifting widoczne były w przedniej części nadwozia. Gamę silników powiększono o silnik benzynowy o pojemności 1,6 dm3.

W październiku 2005 roku debiutowała usportowiona wersja modelu Polo, nosząca oznaczenie GTI. Do jej napędu zastosowano czterocylindrowy, turbodoładowany silnik benzynowy o pojemności 1,8 dm3.

Nowością 2006 roku był pięciodrzwiowy model CrossPolo, który przystosowano do jazdy po drogach nieutwardzonych. Samochody te wyróżniały się zwiększonym prześwitem i szeregiem osłon nadwozia wykonanych z tworzyw sztucznych.

Zakończenie produkcji samochodów trzeciej generacji nastąpiło końcem 2008 roku.